Стенки аквариума перед пересадкой животных максимально затемняют, оставляя слабый верхний свет и небольшое окошечко для наблюдения за их самочувствием. Территориальным видам нужно обеспечить достаточное количество убежищ. Снятию стресса способствует также добавление в воду водорастворимых солей эритромицина (25 мг/л).
На новом месте не следует сразу кормить животных. Исключение — мелкий малек после длительной транспортировки, сильно истощенные особи и т. п. До оптимального рацион увеличивают постепенно, на протяжении нескольких дней. Рыб, отказывающихся от пищи, кормят насильно с помощью пластиковой пипетки, зондов и т. п., в экстренных случаях крупным видам делают внутримышечные инъекции глюкозы. При карантинировании многих тропических видов спустя 7—15 дней температуру воды постепенно повышают до 35°С (экспозиция 2—3 дня).
Карантинный аквариум представляет собой цельностеклянный или плексовый резервуар (его объем зависит от величины и темперамента животных) гигиенического типа (без грунта и растений; укрытия должны легко просматриваться и удаляться из аквариума) с непрерывной аэрацией, механической фильтрацией, ультрафиолетовой стерилизацией (или озонированием) и соответствующей температурой воды. Сроки принудительного заточения варьируют от 3 недель до 3 мес. и даже года (для морских рыб). Особь, прошедшая карантин, должна находиться в отличной форме, чтобы достойно противостоять обитателям основного аквариума, которые зачастую «косо смотрят» на всякого новичка.
Врачевать гидробионтов можно любыми водорастворимыми медицинскими и ветеринарными препаратами или лечебным кормом, прошедшим рыбоводное апробирование. С неизвестными лекарствами следует обращаться осторожно (остерегаясь передозировки), применяя их только по аналогии с уже известными медикаментами и предварительно изучив прилагающиеся инструкции. Усиление или ослабление действия препаратов бывает связано с их сочетаемостью, физико-химическими свойствами среды, световым режимом (антибиотики на свету разлагаются быстрее, красители наиболее активны), действием регенерационных систем (воду, обработанную медью или цинком, нельзя подвергать озонированию, очистке активированным углем и в пеноотделительных колонках во избежание разрушения хелатных комплексов) и т. п. Растворимость лекарств значительно увеличивается в горячей (70—90°С) воде. Замена одного снадобья другим в каждом новом цикле терапии препятствует образованию резистентных (невосприимчивых) микробов. Чтобы предотвратить отравление рыб продуктами лекарственного распада, воду нужно периодически освежать, не снижая при этом концентрацию действующих веществ в установленные сроки.